Действие Guilty Gear происходит в мире будущего, около 2180 года. В начале XXI века люди начали исследовать магию и обнаружили, что она является источником энергии невероятной мощи. Вскоре была открыта возможность трансформировать биологические объекты, как людей, так и животных, с помощью магии, превращая их в так называемые Механизмы. После трансформации большинство Механизмов утрачивало свободу воли, что делало их полностью зависимыми от воли Механизма командного типа. После того, как лидером Механизмов стала Джастис, чьей единственной целью было уничтожение людей, подчинённые ей Механизмы обратились против человечества, начав столетнюю мировую войну, получившую название Крестовые походы. Члены Священного Ордена, в который входили Клифф Андерсн, Сол Бэдгай и Кай Киске, нанесли поражение Джастис, которая затем была помещена в межпространственную тюрьму. Остальные Механизмы, не обладая свободным сознанием, в отсутствие командира перестали представлять угрозу, и война с ними закончилась.
Через пять лет после окончания войны Механизм по имени Тестамент, сохранивший свободу воли, начал осуществлять план по освобождению Джастис из заключения. Встревоженная этим обстоятельством, Организация Объединённых Наций объявила о начале турнира, целью которого было выявление бойцов, способных справиться с восставшим неприятелем. Сол Бэдгай, покинувший Священный Орден и ставший охотником за головами, победил Тестамента в поединке и убил Джастис, окончательно устранив угрозу новой войны.